Cơ cấu tổ chức của Bảo tàng Mỹ Thuật Đà Nẵng được xây dựng theo mô hình linh hoạt, đảm bảo hoạt động hiệu quả trong công tác chuyên môn, quản lý và phục vụ khách tham quan.

Đứng đầu là Ban Giám đốc, chịu trách nhiệm điều hành toàn bộ hoạt động của bảo tàng, xây dựng chiến lược phát triển, định hướng chuyên môn và quản lý nhân sự.
Bên cạnh đó, Hội đồng Khoa học giữ vai trò tư vấn về chuyên môn, nghiên cứu và thẩm định các nội dung liên quan đến hoạt động trưng bày, sưu tầm, bảo quản và phát huy giá trị mỹ thuật.

Dưới sự quản lý của Ban Giám đốc, bảo tàng gồm hai phòng chức năng chính:

1. Phòng Nghiệp vụ Bảo tàng (Dept. of Museum Profession)

   • Phụ trách công tác sưu tầm, kiểm kê, bảo quản, trưng bày và tổ chức các triển lãm, hoạt động giáo dục nghệ thuật.

   • Là bộ phận nòng cốt trong việc gìn giữ và phát huy giá trị các tác phẩm mỹ thuật.

2. Phòng Hành chính – Tổ chức (Dept. of Organization and Administration)

   • Đảm nhiệm công tác tổ chức nhân sự, hành chính, tài chính và hậu cần phục vụ hoạt động của bảo tàng.

   • Trực tiếp quản lý hai bộ phận trực thuộc là:

     • Bộ phận Bảo vệ (Museum Security Team): đảm bảo an ninh, an toàn cho người và tài sản, đặc biệt là các hiện vật trưng bày.

     • Bộ phận Bán vé (Ticket Sales Team): thực hiện công tác đón tiếp, hướng dẫn và bán vé tham quan cho khách.

Cơ cấu này giúp Bảo tàng Mỹ thuật Đà Nẵng vận hành chuyên nghiệp, đáp ứng yêu cầu trong công tác bảo tồn và phát huy giá trị mỹ thuật, đồng thời nâng cao chất lượng phục vụ công chúng.